W myśli i działalności Schwenckfelda okres od 1518 do 1534 posiada wyraźne dwie cezury wewnętrzne. Pierwszą jest rok 1529. Do tego roku Schwenckfeld miał możliwość realizowania reformacji według własnych założeń w trzech księstwach Fryderyka II na Śląsku i organizowania tam według własnych idei religijnych struktur kościoła miejskiego i terytorialnego. Drugą cezurą wewnętrzną jest niewątpliwie 1533, rok synodu strasbourskiego i próby oskarżenia Schwenckfelda, że jego poglądy mają znamiona herezji i są źródłem zaburzeń społecznych.

W latach 1519-1529 aktywność reformatorska Schwenckfelda rozwijała się w trzech płaszczyznach. Wprowadzał zmiany kościelne we własnych dobrach, powołując do kościoła w Osieku ewangelickiego duchownego i organizując grupę ludzi celem wspólnego studiowania Pisma św. Gdy po śmierci ks. Jerzego brzeskiego 1521 przeszedł na służbę do ks. Fryderyka II, rozpoczął na przełomie 1521/22 jako doradca tego władcy działalność reformatorską w księstwach legnickim, brzeskim i wołowski. Trzeci obszar jego działalności reformatorskiej miał zasięg ogólnośląski, a jego celem była próba przeprowadzenia reformy całego kościoła śląskiego. Wraz z Hansem Magnusem von Axenleben, pochodzącym z najznaczniejszej szlachty legnickiej, ogłosił on 1. 01. w 1524 list otwarty do biskupa wrocławskiego Jakuba von Salzy, apelując w nim o przejście biskupa na stronę ewangelików i wydanie mandatu reformującego całą diecezję wrocławską. Zostało on wydany drukiem na kilka dni przed zebraniem się sejmu śląskiego. Działania te mające na celu próbę sformułowania religijnego programu ewangelickiej szlachty śląskiej oraz zrealizowanie projektu odgórnej reformy diecezji przez najwyższą lokalną władzę kościelną były jedynymi ogólnośląskimi inicjatywami podjętymi na Śląsku na rzecz reformacji.

Miały one jednak małe szansę realizacji. Książęta katoliccy, do których należał także biskup wrocławski, w 1524 stanowili większość w sejmie śląskim, a rządy ich obejmowały przeważającą części obszaru Śląska. Fryderyk II, wysłannicy Wrocławia, część rycerstwa oraz zapewne margrabia Jerzy, książę karniowski, ogłosili wprawdzie na forum sejmu w Grodkowie w 1524 swą wolę wprowadzenia głoszenia jedynie "czystej Ewangelii bez ludzkich dodatków", jednak deklaracje te miały bezpośrednią konsekwencję tylko dla terenów, którymi rządzili. Wypadki na sejmie z 1524 nie miały żadnej mocy prawnej dla wprowadzenia reformacji na całym Śląsku, ani autorytet tej instytucji nie mógł być wówczas wykorzystany do tego celu, choć zdarzenia te były w ten sposób często interpretowane przez historyków. Gdy próba wywołania ogólnośląskiego ruchu na rzecz reformacji zawiodła, Fryderyk II i Schwenckfeld skupili się na realizacji reformacji na terenach legnicko-brzesko-wołowskich. W czerwcu 1524 Fryderyk wydał mandat nakazujący głoszenie "czystej Ewangelii", czyli nauki według zasad luterańskich na obszarze mu podległych. Teoretycznym uzasadnieniem tego aktu był poprzedzający go o dwa tygodnie traktat Schwenckfelda Ermannung Des mißbrauchs etlicher fürnempsten Articel des Evangelii, w którym omówionych zostało pięć podstawowych zasad wiary ewangelickiej. Pismo to jest jedynym śląskim traktatem o zasadach wiary ewangelickiej w dobie reformacji. Jego obszerność i kompletność - traktat zawiera wszystkie główne myśli wittenberskiego teologa i jest ich obszerną interpretacją - wskazuje na rozległość wiedzy Schwenckfelda i na głębokie studia nad pismami Lutra. Lata 1525-1527 były wypełnione poszukiwaniem przez Schwecnkfelda własnej drogi w coraz bardziej różnicującym się ruchu reformacyjnym. Do podjęcia takich usiłowań indywidualnego samookreślenia ideowo-religijnego skłoniło Schwenckfelda narastające poczucie zawodu wobec dotychczasowych praktycznych owoców reformacji luterańskiej w zakresie odnowy życia chrześcijańskiego. Podzielał on powszechną wówczas wiarę, że wprowadzenie reformacji spowoduje automatyczne odrodzenie nie tylko Kościoła, ale przede wszystkim życia i obyczajów chrześcijan. Były to nadzieje świeckiego reformatora, bardziej zainteresowanego konsekwencjami religijno-moralnymi reformy, niż jej treściami teologicznymi. Pierwszą jego myślą, wobec braku widocznej poprawy w życiu moralnym i religijnym u ewangelików, było że główne idee wiary luterańskiej były fałszywie interpretowane i źle przekazywane przez ewangelickich kaznodziejów. Następnie jednak Schwenckfeld doszedł do przekonania, że przyczyna zawodu, jaki przynosi reformacja tkwi w niewłaściwym pojmowaniu Wieczerzy Pańskiej.

W poszukiwaniu jej właściwego sensu inspirująca stała się uważnie przez niego obserwowana ówczesna dyskusja o Wieczerzy Pańskiej w obozie reformatorskim, prowadzona zwłaszcza między Karlstadtem, Zwinglim i Lutrem. Pod jej wpływem studiując Ewangelię św. Jana doszedł on do wniosku, że dla właściwego wyjaśnienia znaczenia słów Chrystusa ustanawiających Wieczerzę rozstrzygający jest werset "Kto spożywa moje ciało i pije krew moją ma życie wieczne, a Ja go wskrzeszę" (J 6:54). Słowa Chrystusa z tego wersetu przekonały go o prawdziwej obecności Chrystusa w Eucharystii i o prawdziwym spożywaniu Jego krwi i ciała przez wiernego. Jednak nie jak chcieli katolicy i luteranie, za pomocą materialnego chleba i wina, ale duchowo, choć, jak dodawał, jak najbardziej prawdziwie. Jedynym warunkiem obecności Chrystusa jest posiadanie przez spożywającego wiary, otrzymywanej łaską Boga. Odkrycie to stało się także początkiem powstania wielu innych specyficznych poglądów religijnych Schwenckfelda, których centralną myśl zawsze stanowiło duchowe pojmowanie i doświadczanie wiary.
W przeprowadzeniu egzegezy biblijnej oraz w organizowaniu "prawdziwie chrześcijańskiego Kościoła" pomagał Schwenckfeldowi Valetnin Krautwald. Wierzyli, że powołują do życia "kościół przedkonstantyński", mówiąc inaczej apostolski, albo "pierwszych gmin". Zasadą podstawową modelu tego kościoła było zerwanie tożsamości między przynależnością do gminy kościelnej a przynależnością do gminy społecznej, czyli automatycznego postrzegania jako członków kościoła wszystkich osób danej społeczności. W kościele legnickim wprowadzono zasadę, że przed uzyskaniem pełnego w nim uczestnictwa ludzie powinni zostać gruntownie pouczeni o zasadach wiary. Spowodowało to podział chrześcijan na dwie grupy: poświęconych, którzy mogli otrzymywać sakramenty i katechumenów, którzy podlegali systematycznemu nauczaniu katechetycznemu. Pomocą w tym nauczaniu miał być sporządzony przez Schwenckfelda i Krautwalda pierwszy protestancki katechizm.
Tak pojmowana i realizowana naprawa kościoła wywołała zdecydowanie negatywną reakcję zarówno wśród luteranów, jak i katolików. Luter wraz z Melanchtonem zaczęli ostrzegać przed nim swych zwolenników, oraz wpłynęli na dużą część teologów ewangelickich na Śląsku, zwłaszcza wrocławskich, aby odrzucili oni poglądy Schwenckfelda i Krautwalda. W 1528 Johann Fabri, doradca nowego króla czeskiego, Ferdynanda I, z inicjatywy kapituły wrocławskiej napisał natomiast rozległy traktat denuncjujący Schwenckfelda jako krzewiciela pogardy wobec Eucharystii, najcięższego rodzaju przestępstwa religijnego w oczach katolickiego króla. Było to najwyższej rangi potępienie ze strony kościoła katolickiego wobec zwolennika reformacji na Śląsku. Aby uchronić księcia Fryderyka II przed zarzutami wspierania tego rodzaju herezji Schwenckfeld zdecydował się na emigrację. Wydaje się jednak, że niebagatelną rolę w decyzji księcia odstąpienia od konsekwentnego popierania reformacji schwenckfeldiańskiej miały także niepowodzenia duchownych legnickich w jej realizacji, wyrażające się m. in. w powstaniu niekontrolowanej atmosfery egzaltacji religijnej, choć jeszcze ważniejszym prawdopodobnie czynnikiem było spostrzeżenie przez księcia, że luterański system kościelny gwarantował władcy nieporównanie więcej uprawnień nadzorujących wobec danej społeczności sankcjonowanych przez kościół., niż model kościoła schwenckfeldiańskiego. Okres 1529-1534 Schwenckfeld spędził w Strassbourgu. Dyskusje z licznie przebywającymi tam dysydentami religijnymi różnych kierunków reformacji, inicjowały Schwenckfelda do głębszych przemyśleń wielu jego idei religijnych, powodując gwałtowne pogłębienie się w jego myśli tendencji duchowego pojmowania chrześcijaństwa i prowadząc do wypracowania idei, które stawały się podstawą indywidualnej, "wewnętrznej reformacji" każdego wierzącego, która miała polegać przede wszystkim na reformie moralnej człowieka i która odbywałaby się w jego sercu i sumieniu. Był to trzeci, po luterańskiej i schwenckfeldiańskiej, rodzaj reformacji, którą Schwenckfeld reprezentował.
Jednak okres ten był dla Schwenckfelda także okresem wciąż pogarszających się stosunków z duchowieństwem protestanckim. Najważniejszym powodem wywołującym ten konflikt był dysonans między indywidualistycznymi ideami religijnymi Schwenckfelda a polityką religijną i kościelną reprezentowaną wówczas przez duchowieństwo południowoniemieckie. Wbrew tradycji związków z reformacją szwajcarską tamtejsi duchowni, którym przewodził Martin Bucer, zaczęli bowiem dążyć do pojednania religijnego z Wittenbergą. Obawiano się bowiem, że obszary górnoniemieckie z powodu wycofania się protestantów szwajcarskich po drugiej wojnie kappelskiej z aktywności na terenie Rzeszy staną osamotnione w szykującej się rozprawie wojennej z katolikami. Warunkiem unii politycznej stawianym przez Lutra była jednak jedność teologiczna. Te plany natury polityczno-religijnej zbiegły się z wysiłkami duchowieństwa większych miastach południowych Niemiec do zorganizowania bardziej zwartych systemów kościołów miejskich o jednoznacznie określonej podstawie wyznaniowej.
Badanie pism Schwenckfelda oraz jego przesłuchanie przed synodem strasburskim w 1533, zorganizowanym celem pozbycia się z miasta niebezpiecznych dysydentów religijnych, nie zdołały wprawdzie potwierdzić oskarżeń o głoszenia przez niego idei podważających porządek społeczny i podżegających do ataków na kościół miejski, lecz w rok później wobec zaostrzającego się konfliktu między protestantami i cesarzem, i narastania w związku z tym atmosfery zagrożenia oraz nieustępliwości duchownych miejskich przekonanych o jego szkodliwym działania, został on w poufnych rozmowach poproszony o wyjechanie ze Strasbourga.
Myśl Kaspra von Schwenckfelda jest jednym z obserwowalnych do dziś przykładów jak bardzo ludzie tamtej epoki gorąco oczekiwali naprawy Kościoła i że nie chodziło o zlikwidowanie jedynie tzw. nadużyć, czyli nieprawidłowości w jego funkcjonowaniu, lecz że wielu postrzegało ją w kategoriach odrodzenia chrześcijaństwa. Wielkie i głębokie oddziaływanie idei reformacyjnych wiązało się także z rozbudzoną nadzieją na ich oczyszczającą wartość dla doświadczania wiary chrześcijańskiej i torowania bardziej indywidualnej i bardziej bezpośredniej drogi do Boga. Te tendencje uwidaczniały się u Schwenckfelda w dwóch zakresach. Z jednej strony jego myśl wyraźnie ewoluowała w okresie 1518/19-34 ku zjawisku, które można by określić mianem chrześcijaństwa bezwyznaniowego. Przejawiało się ono w zaniechaniu prób uporządkowania własnych poglądów w bardziej skonsolidowany system zasad wyznaniowych oraz w konsekwentnym oporze wobec ustanawianych aktów wyznania przez gremia teologów i urzędy kościelne. Innym aspektem tej tendencji była niechęć Schwenckfelda do budowania jakiejkolwiek trwalszej struktury wśród własnych zwolenników. Jeśli nawet można stwierdzić istnienie w jego myśli tendencji separatystycznych wobec powstających nowych kościołów reformacyjnych, to miały one zawsze wymiar indywidualny. Chodziło w nich o zbudowanie pełnej autonomii człowieka wierzącego w jego stosunku do Boga, nigdy zaś nie miało cech sprzyjających budowie osobnej gminy kościelnej. Z drugiej strony myśl reprezentowana przez Schwenckfelda wydaje się być przykładem na koincydencję między ideami reformacyjnymi a głębokimi przemianami kulturowymi wyrażającymi się w zmianach postrzegania i przeżywania świętości. Rysem jego pobożności i religijności było bowiem stopniowe, ale konsekwentne uwalnianie jej od wszelkiej zewnętrzności. Przyjmowanie sakramentów, słuchanie słowa Bożego czy przynależność do Kościoła Chrystusowego stawały się dla niego aktami najgłębiej wewnętrznymi. Zewnętrzność tych aktów miała wprawdzie ważną funkcję przypominania o dziele Chrystusa oraz wskazywania na obietnicę łaski i darów Bożych, lecz Schwenckfeld wykluczał pojmowanie ich jako automatycznie związanych z działaniem w nich Boga. Pozbawione one zostały także znaczenia dla objawiania się w ten sposób wiary. W tak konsekwentnym przeprowadzaniu rozdziału między tym, co stanowiło zewnętrzne objawy życia religijnego, a tym, co istotnie było wewnętrzną wiarą, przejawiała się prawdopodobnie jedna z ważnych cech zachodzącej w społeczeństwach Europy szesnastowiecznej "reformacji kulturowej". Charakterystyczne dla niej wydaje się być owo rozwiązywanie ścisłej zależności między wiarą a jej uzewnętrznianiem się za pomocą aktów ascezy religijnej czy ścisłego przestrzegania nakazów kościelnych, cechujących pobożność średniowieczną, oraz gruntowne zmiany w sposobie wyrażania uczuć religijnych w porównaniu z tamtym okresem, polegające na odrzuceniu konieczności przejawiania się ich w określonej formie zewnętrznej. Obdarzenie tego, co wewnętrzne autonomicznym życiem i uwolnienie go od zewnętrznej sprawdzalności, rozgrywające się w płaszczyźnie religijnej, posiadało jednak zarazem szerokie implikacje kulturowe polegające na pojmowaniu wewnętrznego świata myśli i doświadczeń człowieka jako najistotniejszej części ludzkiego bytu.